Через usb u10 законектился в lonmaker , создаю виртуальный блок, а в нем не могу создать не входные, не выходные переменные. В устрйостве при выборе конфигурации переменные видятся, а в самом блоке(subsystem) их нету, подскажите в чем проблема?

Ну тут возникает сразу несколько вопросов, где был взят XIF (с устройства или с сайта скачан), установлены ли ресурсные файлы от Thermokon и установлен ли plag-in, что значительно облегчит вам жизнь.
По ссылочке можно скачать весь интересующий вас материал. И дачи в работе с Lon шиной.
http://thermokon.su/download.php

Беру данные с устройства, т.е. через пин индификацию. При этом девайс видется и при тестирование выдает 0 ошибок. XIF файл я так понимаю это тоже самое загрузка базы устройства не с самого девайса, а с файла.

Да, но при этом присутствует заводское именование переменных, и заложенное произврдителем описание.
Кроме того, PLUGin позволяет сконфигурировать устройство, в т.ч. связь переменных с физическими параметрами устройства.

Возможно сам виртуальный блок не поддерживает входа и выхода, а есть другой функциаональный блок где описаны некторые переменные. Может быть что виртуальный блок не является обязательной состовляющей проекта в LonMaker?

Вы не гадайте, а установите плагин и закомисьте утройство указав xif от производителя.

Еще вопрос хочу панель связать с WAGO module LON FTT 753-648. Загрузил проект в вагу, горят индикаторы на этом модуле A - зеленым, С - зеленым, D и H - моргают желтым. Замыкаю 2 и 6 выхода для PIN идентификации в лоне и ноль эмоции в LonMaker. Панель загружается без проблем через PIN. В чем может быть причина, может где-то программно нужно разрешить идентификацию модуля через замыкания Service PIN?