Подскажите пожалуйста, можно ли установить котёл в отдельном помещении храма с отдельным выходом на улицу, при этом из этого помещения есть спуск в подвал, но его, как я полагаю, нужно будет отгородить. А в остальном? Допускается ли это? Может кто-то сталкивался с такой ситуацией?

В украинских нормах есть хитрый пункт, который запрещает установку газоиспользуещего оборудования при наличия в здании помещения, где может собираться 50 и более человек. Храм вполне попадает в эту категорию и ничего газового устанавливать нельзя. Как в России - не знаю.

А в России в СниП 2.08.02-89* "Общественные здания и сооружения" написано: п. 2.17. Под и над жилыми помещениями и помещениями культурно-массового назначения кладовые, камеры хранения и другие пожароопасные помещения располагать не допускается.
Т.е. над и под нельзя располагать пожароопасные помещения, а рядом можно?

Посмотрите здесь

Размещение котельной возможно в пристроенном помещении, т.е имеющем общую стену.