Надо спроектировать пункт учета газа. с начинкой нет проблем, а вот с аксессуарами
В готовых ПУГ стоят дефлекторы, из каких соображений их выбирать?
И как сделать узлы прохода труб и свечей через сам контейнер?

Дефлектор должен обеспечить 3х кратный воздухообмен -соответственно приток воздуха нужен. Через стены нужно делать гильзы, мелких диаметров из трубы, крупных обычно из листового металла. Не забудьте про легко сбрасываемые конструкции и естественное освещения (окна)!

http://saratov.pulscen.ru/products/grpsh_p..._ucheta_8502997
ну и где тут окна и легкосбрасываемые конструкции?

Так у Вас пункт учета газа шкафной (как на ссылке которую Вы приводите), или контейнерный?
Если контейнерный то действует Постановление 870
Технический регламент о безопасности сетей газораспределения и газопотребления
36. Для обеспечения взрывоустойчивости помещения для размещения линий редуцирования газорегуляторного пункта и технологического помещения пункта учета газа в указанных помещениях должно быть предусмотрено устройство легкосбрасываемых конструкций, площадь которых должна быть не менее 0,05 кв. метра на 1 куб. метр свободного объема помещения.