Для проведения контроля сварных соединений наружных и внутренних газопроводов среднего давления 0,15 МПа в СНиПе указано число стыков, подлежащих контролю 5% (но не менее одного стыка на каждого сварщика) физическим методом, согласно циркуляра Ц-03-97 п.1.25 "в проектах вновь проектируемых системах газоснабжения предусматривать необходимость 100%-ного контроля сварных соединений газопроводов неразрушающими методами,......".Строительство ведется на объекте ТЭЦ. Какой документ в данной ситуации стоит выше?

Что такое Ц-03-97? Если Ц-03-97(т) - не нашёл там никаких пунктов п.1.25,там всего 3 пункта. Выложите текст.
Вообще руководствуются СНиП 42-01-2002 (СП 62.13330.2011), но может у вас какой-то иной, особый объект, и вы руководствуетесь иными нормами, либо у вас внутризаводские правила жёстче. Или у вас ГРП, там 100%.

P.S. Вы прочтите СНиП и убедитесь, подходит ли он вам. Если да - руководствуйтесь им, если у вас нет иных требований от проектировщиков или технологов.