Уважаемые коллеги!
Прошу Вас помочь определить какие необходимы документы и согласования для ввода котельной 3,8 МВт в эксплуатацию.
Заранее благодарю за участие.

тут не совет, тут целое пособие (трактат) нужно. Для ввода объекта в эксплуатацию нужен полный комплект исполнительной документации, состав которой вы можете посмотреть в специализированной технической литературе.
Вкратце см. Градостроительный кодекс ст. 55. Выдача разрешения на ввод объекта в эксплуатацию

Дело в том, что организация которая проектирует стадию "Р" говорит о том, что согласование рабочей документации в Ростехнадзоре не потребуется (за исключением раздела электроэнергии), если они пройдут гос. экспертизу.
Само здание котельной состоит из трех частей:
1. Насосная на питьевую воду и пожаротушение
2. Сама котельная с теплообменным оборудованием
3. Помещение хранения резервного( дизельного) топливохранилища

Вот собственно и вопрос: участие Ростехнадзора в принятии рабочей документации(стадия "П" положительно прошла только экспертизу).

Акты на приемку котельной под пусконаладку будет подписывать Ростехнадзор, в эксплуатацию тоже. Заключение стройнадзора отдельно будете получать. Каждый орган затребует положительное заключение государственной экспертизы, в т.ч. и на рабочую документацию.

То есть, если я правильно понял Ростехнадзор проектную документацию не согласовывает, при наличии положительной гос.экспертизе?

Проектную нет. Только рабочку смотрит.

Все разделы или только электрику.
Так же повторяюсь стадия "Р" пройдет гос.экспертизу.
И еще вопрос нужно ли проходить промышленную безопасность после гос.экспертизы?

Перечень документов для получения разрешения на допуск в эксплуатацию котельной