Можно ли объединять сети (LNS базы данных) в Lonmaker, если каждая сеть привязана к разным интерфейсам? Или может есть ОРС сервер, который поддерживает больше 1-й LNS базы данных?

ДВС walker,
объединить сети можно, но при условии, что все они будут работать (доступны для управления) через один интерфейс. LNS сервер открывает для одной базы один и только один интерфейс.
Ситуация с OPC серверами более удобна для Вас, т.к. большинство их (OPC) работает через API сервера LNS, а он, в свою очередь, может открывать множество баз и подключать к каждой свой интерфейс. Останется только вопрос, чтобы OPC сервер позволял запускать несколько экземпляров.